謎團1：「南海一號」是哪裡建造的?
多數專家認定，是一艘中國製造的遠航貨船。可能是褔州製造 。
謎團2「南海一號」的始發港是哪裡?
專家判定，「南海一號」始發港肯定在中國。
可能性較大是泉州，泉州是當時享譽世界的「東方第一大港」。
謎團3:船的目的地是哪裡?
因船頭朝向西南240度，判斷當時「南海一號」不是從國外駛入中國，而是從中國駛出，赴新加坡、
印度等東南亞地區或中東地區進行海外貿易。
謎團4:沉船的主人是誰?
至今無從判定船主的國籍。
從出水一條1.8米有明顯的阿拉伯風格的鎏金腰帶，由四股八條金線編織而成。推測船主可能非常富裕。
謎團5:古船到底裝了多少稀世文物?
6萬—8萬件，最多的文物品種是瓷器，還有金飾、漆器、金屬製品等。
謎團6:能否確定古船準確的沉沒時間?
大約沉沒在南宋初年，可能為宋高宗時期。
謎團7「南海一號」為何沉沒?
可能與海上風浪有關。
又因古船會平平地沉沒，可能是因超載造成船體爆裂而沉沒。
謎團8船上人員是否逃生?
一直沒有發現船員骸骨。有可能「南海一號」沉沒後只有貨、沒有人。
謎團9木質船為何800多年不腐?
水下環境氧濃度低，短時間內周圍很快附著了大量淤泥，從而使船體與外界隔絕，避免了氧化破壞。
同時，所使用的材質是松木。松木是抗浸泡比較好的造船材料。
謎團10「南海一號」價值幾何?
價值超千億美元。文物是有形的、相對容易發掘的，但更重要的是隱含的文化信息，「南海一號」對
研究海上絲綢之路歷史、造船史、陶瓷史、航海史等具有十分重要的價值。
謎團11「南海一號」如何才能保護好？
打撈出的幾千件瓷器，已有部分出現了裂縫。主要因為脫鹽脫水處理不當。
目前主要存在三大難度:
第一是對800多年保存基本完好的文物和遺址進行保護，世界上沒有一個成熟的方案可借鑒;
第二是對船上鐵器、凝結物的保護也是個難題，尤其是從海洋環境移至陸地，保護更是個難題;
第三，對出水瓷器的保護也是個難題。
